COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-31 17:00:00 30.569807 30.569807 27.323562
2020-12-30 17:00:00 25.415699 25.415699 26.964784
2020-12-29 17:00:00 24.559100 24.559100 26.731100
2020-12-28 17:00:00 28.939828 28.939828 26.561789
2020-12-27 17:00:00 36.001939 25.547379 26.293223
2020-12-26 17:00:00 30.785350 30.785350 25.936828
2020-12-25 17:00:00 28.538234 28.538234 25.630338

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-31 17:00:00 33.979136 10.059613 17.876789
2020-12-30 17:00:00 22.528363 22.528363 18.882873
2020-12-29 17:00:00 13.782991 13.782991 18.966243
2020-12-28 17:00:00 13.621262 13.621262 19.190688
2020-12-27 17:00:00 18.939394 18.939394 19.383746
2020-12-26 17:00:00 24.817518 24.817518 19.393969
2020-12-25 17:00:00 27.493917 27.493917 19.490571

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-31 17:00:00 21.940299 21.940299 22.142644
2020-12-30 17:00:00 20.000000 20.000000 21.293971
2020-12-29 17:00:00 26.459144 26.459144 20.235399
2020-12-28 17:00:00 30.909091 30.909091 19.595396
2020-12-27 17:00:00 23.684211 23.684211 19.100146
2020-12-26 17:00:00 44.642857 44.642857 18.746063
2020-12-25 17:00:00 18.956044 18.956044 17.755860

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-31 17:00:00 13.333333 7.976783 10.357349
2020-12-30 17:00:00 14.573191 7.919507 10.436204
2020-12-29 17:00:00 6.432518 6.432518 10.704115
2020-12-28 17:00:00 14.560440 14.560440 11.047327
2020-12-27 17:00:00 23.645971 23.645971 11.266304
2020-12-26 17:00:00 16.772824 16.772824 11.364751
2020-12-25 17:00:00 12.703905 12.703905 11.311885

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-31 17:00:00 10.889216 10.889216 12.679244
2020-12-30 17:00:00 12.246510 12.246510 13.044892
2020-12-29 17:00:00 25.901368 25.901368 13.614084
2020-12-28 17:00:00 22.013218 22.013218 13.419619
2020-12-27 17:00:00 31.827515 31.827515 12.860922
2020-12-26 17:00:00 24.976830 24.976830 12.414496
2020-12-25 17:00:00 8.632047 8.632047 12.239989

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-31 17:00:00 35.091211 35.091211 33.382903
2020-12-30 17:00:00 28.956981 28.956981 33.086771
2020-12-29 17:00:00 23.311604 23.311604 32.928853
2020-12-28 17:00:00 28.376844 28.376844 33.471238
2020-12-27 17:00:00 68.867418 28.571429 33.866791
2020-12-26 17:00:00 48.954558 48.954558 34.077420
2020-12-25 17:00:00 46.788385 46.788385 34.394065

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-31 17:00:00 39.012456 39.012456 38.608092
2020-12-30 17:00:00 52.142857 52.142857 37.948989
2020-12-29 17:00:00 31.724582 31.724582 36.938393
2020-12-28 17:00:00 32.465278 32.465278 36.257690
2020-12-27 17:00:00 39.669421 39.669421 35.717634
2020-12-26 17:00:00 36.245955 36.245955 33.190320
2020-12-25 17:00:00 37.897469 37.897469 32.982025

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-31 17:00:00 28.172832 28.172832 24.835070
2020-12-30 17:00:00 25.994540 25.994540 24.180807
2020-12-29 17:00:00 21.580439 21.580439 24.038484
2020-12-28 17:00:00 21.329212 21.329212 23.904104
2020-12-27 17:00:00 26.391140 26.391140 23.579701
2020-12-26 17:00:00 27.511024 27.511024 23.123426
2020-12-25 17:00:00 24.150243 24.150243 22.758229

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-31 17:00:00 40.067912 40.067912 30.855662
2020-12-30 17:00:00 21.249360 41.048467 29.857302
2020-12-29 17:00:00 30.168150 30.168150 28.487781
2020-12-28 17:00:00 25.859492 25.859492 27.182520
2020-12-27 17:00:00 24.688279 24.688279 26.596374
2020-12-26 17:00:00 31.192661 3.363007 25.840676
2020-12-25 17:00:00 36.003236 36.003236 25.279433

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-31 17:00:00 37.137908 37.137908 28.270733
2020-12-30 17:00:00 24.635547 24.635547 27.283692
2020-12-29 17:00:00 21.941697 21.941697 26.294455
2020-12-28 17:00:00 26.164384 26.164384 24.782319
2020-12-27 17:00:00 23.138034 23.138034 24.048872
2020-12-26 17:00:00 26.784523 26.784523 23.305305
2020-12-25 17:00:00 26.942793 26.942793 22.741402

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-31 17:00:00 19.265552 19.265552 16.923855
2020-12-30 17:00:00 17.483562 17.483562 16.285816
2020-12-29 17:00:00 19.148134 19.148134 15.818413
2020-12-28 17:00:00 27.637131 27.637131 15.539811
2020-12-27 17:00:00 33.456562 33.456562 15.053583
2020-12-26 17:00:00 16.220472 6.552163 14.517347
2020-12-25 17:00:00 11.912288 18.582435 14.045441

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-31 17:00:00 11.488251 11.488251 9.547091
2020-12-30 17:00:00 6.002729 6.002729 9.189312
2020-12-29 17:00:00 2.723735 2.723735 9.180360
2020-12-28 17:00:00 12.500000 12.500000 9.740598
2020-12-27 17:00:00 2.083333 2.083333 9.776345
2020-12-26 17:00:00 7.887324 7.887324 9.669225
2020-12-25 17:00:00 14.406780 14.406780 9.642419

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-31 17:00:00 45.936396 45.936396 30.861599
2020-12-30 17:00:00 38.938053 38.938053 29.865319
2020-12-29 17:00:00 51.123596 19.361702 29.191301
2020-12-28 17:00:00 29.850746 29.850746 28.721737
2020-12-27 17:00:00 24.463519 24.463519 29.151852
2020-12-26 17:00:00 -2.774566 5.321508 29.648595
2020-12-25 17:00:00 11.942257 41.887227 30.230733

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-31 17:00:00 81.841432 81.841432 53.145335
2020-12-30 17:00:00 38.703340 38.703340 50.533442
2020-12-29 17:00:00 36.764706 36.764706 49.981312
2020-12-28 17:00:00 66.000000 66.000000 48.386715
2020-12-27 17:00:00 82.692308 82.692308 47.993879
2020-12-26 17:00:00 33.972603 33.972603 46.017121
2020-12-25 17:00:00 68.750000 68.750000 45.585876

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-31 17:00:00 42.440236 42.440236 35.149339
2020-12-30 17:00:00 32.996845 32.996845 34.535293
2020-12-29 17:00:00 38.112523 38.112523 33.366808
2020-12-28 17:00:00 23.911383 23.911383 32.651430
2020-12-27 17:00:00 29.690461 29.690461 32.369408
2020-12-26 17:00:00 34.577114 34.577114 31.721172
2020-12-25 17:00:00 39.361224 39.361224 31.712575

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-31 17:00:00 39.434948 39.434948 33.766398
2020-12-30 17:00:00 30.548628 30.548628 32.850569
2020-12-29 17:00:00 20.593896 20.593896 32.292155
2020-12-28 17:00:00 21.245059 21.245059 32.213570
2020-12-27 17:00:00 14.313472 53.983161 32.200709
2020-12-26 17:00:00 63.477246 63.477246 32.172765
2020-12-25 17:00:00 63.544940 63.544940 32.081925

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-31 17:00:00 11.944174 11.944174 9.651031
2020-12-30 17:00:00 8.425379 8.425379 9.430565
2020-12-29 17:00:00 5.248869 5.248869 9.304443
2020-12-28 17:00:00 14.233577 14.233577 9.468509
2020-12-27 17:00:00 10.526316 10.526316 9.435499
2020-12-26 17:00:00 8.257757 8.257757 9.520903
2020-12-25 17:00:00 12.390185 12.390185 9.366327

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-31 17:00:00 29.623717 17.936146 19.746204
2020-12-30 17:00:00 20.460551 20.460551 19.490699
2020-12-29 17:00:00 19.268009 19.268009 19.337085
2020-12-28 17:00:00 17.506060 17.506060 19.171815
2020-12-27 17:00:00 19.802555 19.802555 18.986813
2020-12-26 17:00:00 13.474610 34.106357 18.901746
2020-12-25 17:00:00 17.081851 17.081851 18.573686

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-31 17:00:00 17.873303 17.873303 15.203411
2020-12-30 17:00:00 13.747759 13.747759 14.852885
2020-12-29 17:00:00 10.399079 10.399079 14.584716
2020-12-28 17:00:00 13.660377 13.660377 14.752713
2020-12-27 17:00:00 14.654616 14.654616 14.570711
2020-12-26 17:00:00 21.213720 21.213720 14.454305
2020-12-25 17:00:00 16.106148 16.106148 14.361237

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-31 17:00:00 28.142589 28.142589 18.372499
2020-12-30 17:00:00 33.820663 33.820663 17.734143
2020-12-29 17:00:00 16.479017 16.479017 16.830789
2020-12-28 17:00:00 30.877193 9.007165 16.524379
2020-12-27 17:00:00 10.778443 3.900325 16.038994
2020-12-26 17:00:00 11.805556 5.220061 16.023712
2020-12-25 17:00:00 26.697353 26.697353 15.885720

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-31 17:00:00 26.605505 26.605505 21.110362
2020-12-30 17:00:00 13.084112 13.084112 20.280059
2020-12-29 17:00:00 0.000000 0.000000 20.412813
2020-12-28 17:00:00 89.705882 35.294118 19.990758
2020-12-27 17:00:00 21.600000 21.600000 20.399719
2020-12-26 17:00:00 58.536585 58.536585 19.872429
2020-12-25 17:00:00 33.333333 33.333333 19.884163

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-31 17:00:00 75.011721 116.717325 77.349215
2020-12-30 17:00:00 72.317752 72.317752 75.384502
2020-12-29 17:00:00 69.868421 69.868421 73.720456
2020-12-28 17:00:00 82.674591 82.674591 72.689267
2020-12-27 17:00:00 81.469727 81.469727 72.489696
2020-12-26 17:00:00 45.255605 45.255605 70.897891
2020-12-25 17:00:00 125.281320 83.695924 70.152120

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 33.979136 10.059613 17.876789
Basilicata 21.940299 21.940299 22.142644
Calabria 13.333333 7.976783 10.357349
Campania 10.889216 10.889216 12.679244
Emilia-Romagna 35.091211 35.091211 33.382903
Friuli Venezia Giulia 39.012456 39.012456 38.608092
Lazio 28.172832 28.172832 24.835070
Liguria 40.067912 40.067912 30.855662
Lombardia 37.137908 37.137908 28.270733
Marche 19.265552 19.265552 16.923855
Molise 11.488251 11.488251 9.547091
P.A. Bolzano 45.936396 45.936396 30.861599
P.A. Trento 81.841432 81.841432 53.145335
Piemonte 42.440236 42.440236 35.149339
Puglia 39.434948 39.434948 33.766398
Sardegna 11.944174 11.944174 9.651031
Sicilia 29.623717 17.936146 19.746204
Toscana 17.873303 17.873303 15.203411
Umbria 28.142589 28.142589 18.372499
Valle d'Aosta 26.605505 26.605505 21.110362
Veneto 75.011721 116.717325 77.349215

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Thu Dec 31 17:20:32 2020 revision 141, bc123cf